Finansiranje Agencije je jedan od neophodnih elemenata za ostvarivanje funkcije, poslova i zadataka koji su joj stavljeni u nadležnost, a koji su većim dijelom navedeni u poglavlju III ovog plana. Utvrđeni način finansiranja treba da obezbijedi da regulisanje energetskog sektora Republike bude objektivno, transparentno i nediskriminatorno i u skladu sa važećim međunarodnim standardima, uključujući Evropsku energetsku povelju i odredbe Evropske Unije iz oblasti energetike. Njime treba da se obezbijedi i funkcionalna nezavisnost Agencije, tj. da se omogući da u vršenju svojih poslova i donošenju odluka, Agencija bude samostalna i nezavisna, kako od državnih organa, tako i od energetskih subjekata i korisnika njihovih usluga.

Način finansiranja rada Agencije je propisan članom 13 Zakona, koji glasi:

• Vlada obezbjeđuje početno finansiranje potrebno za osnivanje Agencije, nakon čega se Agencija finansira putem naknada koje utvrđuje u skladu sa ovim Zakonom i ostalim opštim aktima.
• Agencija utvrđuje finansijski plan za narednu godinu, najkasnije do 30. septembra tekuće godine. Agencija dostavlja Skupštini na usvajanje, a Vladi na uvid, finansijski plan, koji je dostupan za javnost, u skladu sa pravilima koje je utvrdila Agencija.
• U skladu sa pravilima koje utvrđuje, Agencija objavljuje utvrđene iznose naknada za svaku godinu, koju plaćaju energetski subjekti. Naknade se određuju u cilju pokrivanja procijenjenih troškova Agencije tokom godine.
• Energetski subjekti plaćaju naknade navedene stavom 3 ovog člana, koje se uplaćuju na račun Agencije, koja ima isključiv pristup sredstvima. U slučaju da se sredstva sa računa, navedena ovim stavom, ne iskoriste u potpunosti tokom fiskalne godine u kojoj su prikupljena, Agencija će prenijeti sredstva u sljedeću godinu, a naknade za sljedeću godinu se umanjuju za tu sumu.’’
  

Zakon nije utvrdio vrstu naknada za finansiranje Agencije i način njihovog plaćanja, već je to ostavio da Agencija uredi svojim opštim aktima.